In overeenstemming met de historiografische trend van de laatste decennia gaat het in het wetenschapshistorische onderzoek van het Huygens ING vooral om de vraag hoe kennis op de lange termijn wordt gevormd en doorgegeven. Hoe verspreiden en transformeren verschillende soorten kennis zich, al dan niet op weg naar algemene erkenning? Hoe raken bepaalde vormen van kennis weer in de vergetelheid? Hoe accumuleert kennis, bijvoorbeeld door het fenomeen van de groei van specialismen, door de toenemende verschriftelijking van kennis en de opslag ervan in bibliotheken en archieven?